Ada beberapa faktor utama penyebab disparitas antar wilayah. Faktor – faktor ini terkait dengan variabel – variabel fisik dan sosial ekonomi wilayah, antara lain :
Geografi
Sejarah
Politik
Kebijakan pemerintah
Administrasi
Sosial budaya
Ekonomi
Tingkat perkembangan wilayah sangat bergantung dengan variasi dan kualitas sumberdaya, topografi, iklim, curah hujan, dsb. Apabila faktor lain tersebut sama, maka kondisi geografi yang lebih baik akan berkembang lebih baik sehingga menyebabkan disparitas antar wilayah.
Demikian juga kondisi masa lalu yang berpengaruh pada perkembangan wilayah di masa depan. Bentuk organisasi dan kehidupan ekonomi pada masa lalu merupakan penyebab penting terutama terkait sistem insentif terhadap kapasitas kerja dan enterpreneurship.
Instabilitas politik sangat mempengaruhi tingkat perkembangan wilayah. Politik yang stabil akan menyebabkan ketidakpastian di berbagai bidang terutama ekonomi sehingga berpengaruh pada iklim investasi dan pertumbuhan ekonomi.
Penyebab Disparitas Wilayah
Ketidakefisienan bidang administrasi juga menjadi penyebab disparitas antar wilayah. Wilayah yang tidak memiliki administrator jujur, terpelajar, terlatih dan sistem admistrasi yang efisien sulit untuk mengalami perkembangan dibanding wilayah yang memiliki administrasi efisien. Hal tersebut dikarenakan keunggulan sistem administrasi mampu mengundang investasi karena proses perijinan yang mudah.
Kondisi sosial dan budaya masyarakat yang tertinggal umumnya tidak memiliki institusi dan perilaku kondusif bagi perkembangan ekonomi.
Faktor ekonomi yang menyebabkan terjadinya disparitas wilayah dapat diklasifikasikan sebagai berikut :
Perbedaan kuantitas dan kualitas faktor produksi seperti lahan, infrastruktur, tenaga kerja, modal, organisasi, dan perusahaan.
Akumulasi berbagai faktor seperti lingkaran kemiskinan, baik karena sumberdaya yang terbatas dan ketertinggalan masyarakat yang menyebabkan kemiskinan, maupun kondisi masyarakat yang tertinggal, produktivitas rendah, efisiensi rendah, investasi rendah, pendapatan rendah, konsumsi rendah, standar hidup rendah, pengangguran meningkat yang mengakibatkan wilayah tersebut semakin tertinggal.
Pasar bebas dan pengaruh spread effect dan backwash effect.
Distorsi pasar seperti immobilitas, kebijakan harga, keterbatasan spesialisasi, keterbatasan keterampilan, tenaga kerja, dll.